Al llarg dels segles XV i el segle XVI, Formentera era un refugi molt conegut per els pirates . És en la XVII quan el Rei d’Espanya comença a donar terres a la gent d’Eivissa per establir-se amb les seves famílies a l’illa.
És al segle XVIII quan la gent de Formentera inicia la construcció d’aquesta Església que es va començar a construir com una fortalesa per protegir els habitants de les incursions de pirates, teníen un parell de canons com armes defensives.
Avui dia és el cor de San Francisco, si vostè visita l’illa a l’estiu cada HI HA divendres jazz en viu a la plaça al davant d’ella.