Ce musée a été créé en 1907 grâce à la donation à l’Etat de la collection rassemblée par la Société archéologique Ebusitana depuis sa fondation en 1903, creusé dans diverses parties d’Ibiza et Formentera.
Le contenu de l’exposition permanente actuelle couvre plus de trois mille ans d’histoire d’Ibiza et Formentera des premiers colons jusqu’à la conquête catalane de 1235. Il est divisé en six zones: préhistorique colonie phénicienne, punique, Rome impériale et les périodes islamiques médiévales.