Au cours des XV et XVI siècles, Formentera était un refuge très connu des pirates. C’est au XVII que le Roi d’Espagne commence à donner des terres aux habitants d’Ibiza pour qu’ils s’établissent et s’installent avec leurs familles sur l’île.
C’est au milieu du XVIII siècle, lorsque les gens de Formentera commence à construire cette Église qui avait commencé à être construite comme un fort pour protéger les habitants de ces raids de pirates. Ils possédaient même une bonne artillerie afin de dissuader l’ennemi.
Aujourd’hui, c’est le cœur de San Francisco, si vous visitez l’île en été tous les vendredis il y a du jazz live dans le square devant.